Monovar: برنامه‌ای نوشته شده با پایتون برای کمک به درمان سرطان

Monovar: برنامه‌ای نوشته شده با پایتون برای کمک به درمان سرطان

پیش از این، فناوری‌ای که از آن برای تشخیص جهش‌های DNA در سلول‌های سرطانی استفاده می‌شد، میلیون‌ها سلول را برای دستیابی به نتایج قطعی مورد بررسی قرار می‌داد اما برای بهبود کارایی این فرایند تشخیصی، محققان مرکز سرطان ام. دی. اندرسون دانشگاه تگزاس روش جدیدی را به کمک زبان برنامه‌نویسی #پایتون ارائه کرده‌اند که Monovar Method نام دارد که یک برنامهٔ کامپیوتری است که جهش‌های DNA سلول‌های سرطانی را یافته و دگرگونی‌های مهم آن را نشان می‌دهد. این برنامهٔ پیشرفتهٔ نوشته شده با پایتون، به پزشکان کمک می‌کند که قبل از رفتن به سراغ روش‌هایی چون شیمی‌درمانی، گام‌هایی در راه درمان سرطان بردارند. 

Monovar نرم‌افزاری است که برخلاف روش‌های تعیین توالی موجود که ژنوم میلیون‌ها سلول را بررسی می‌کند، اطلاعات به دست آمده از چند تک سلول را مورد آزمایش و بررسی قرار می‌دهد. روش جدید Monovar از یک فناوری تحت عنوان تعیین توالی تک سلولی (Single Cell Sequencing) یا به طور خلاصه SCS بهره می‌برد که در زمینه‌های دیگری چون میکروبیولوژی، نوروبیولوژی و ایمونولوژی نیز کاربرد دارد.

این نرم‌افزار قادر است که چندریختی تک-نوکلئوتید (SNV) که نوعی از جهش‌ DNA جزئی به شمار می‌رود را تشخیص دهد. در واقع، SNV نقش مهمی در درمان سرطان دارد چرا که بر نحوهٔ گسترش بیماری و پاسخ بدن بیمار به داروها، تاثیرگذار است. با تشخیص درست SNV، امکان درمان‌های شخصی مؤثرتری برای بیماران فراهم می شود؛ در توضیحات منتشر شده در Bitbucket در ارتباط با این نرم‌افزار آمده است:

Monovar یک تشخیص‌دهندهٔ SNV و الگوریتم تعیین ساختار ژنتیکی برای اطلاعات توالی DNA تک سلولی است. این برنامه فایل‌های bam را به عنوان ورودی دریافت می‌کند و فایل‌هایی با فرمت vcf شامل SNVهای تشخیص داده شده را به عنوان خروجی ارائه می‌کند.

پیش از این، از الگوریتم‌های هوشمند و کاربردهای بیگ دیتا در تحلیل‌های آماری سلول‌های سرطانی استفاده می‌شد اما از این پس باید امیدوار باشیم که Monovar بتواند تشخیص و درمان سرطان را ساده‌تر از گذشته کند.